L'opera d'arte che subito colpisce per la sua imponenza è l'altare maggiore, parte in marmo e parte in legno. Il paliotto in tela era una volta possibile esser mutato per concordare i colori liturgici, ma ora consiste in una tela dipinta del rev. Ottavio Fasani, un artista salesiano di Cerveno.
Dai gradini in marmo “magnaboschi” lo sguardo corre subito alla magnifica tribuna che raccoglie in se l'arte pregevole de Fantoni, di cui si vede qui l'alta maestria. Tre pannelli, posti negli intercolonnii e finemente scolpiti in legno di bosso, raccolgono ciascuno numerose figure ad alto rilievo e rappresentano: la crocifissione, la morte e la deposizione del Cristo. Sono opere di Andrea Fantoni. Scrive infatti mons. Rota, uno dei primi studiosi della scuola fantoniana: “In Cerveno Valle Camonica, tre bassorilievi di bosso nell'altare maggiore di quella chiesa... 1702 un Tabernacolo, Agosti chiese duecento scudi ad indorarlo, e vi faceva le nuvole d'argento, giusto il resto in oro zecchino...1716: parapetto di noce ed ulivo ad intaglio di bosso e tre bassorilievi di bosso nell'altar maggiore”.
Accanto a queste opere più preziose sul gradino superiore dell'altare maggiore troneggiano due grandi Angeli alati prostrati in adorazione a cui fan corona altri angeli minori e cariatidi in atti di sostenere l'altare.
Dietro la tribuna in alto si trova una grandiosa ancona, in forma ovale, ricca di una ornamentazione a grossi fiorami rovesciati, a cui si intrecciano due grandi angeli e putti alati di varia grandezza. Essa pure è opera della bottega Fantoni di Rovetta che la eseguì nel 1704 insieme a quella dell'altare di S. Antonio Abate.
L'ancona racchiude una pala di grandi dimensioni, di autore ignoto, che rappresenta: la Madonna che posa la mano destra sul capo di S. Martino ed ha in braccio Il Bambino Gesù che benedice S. Giovanni Battista; sotto in piedi i santi Pietro, Martino, Andrea e Carlo Borromeo.
Circondano tutto il Presbiterio gli stalli del coro, in legno di noce, con belle colonne ritorte, con sedia per il celebrante, con tronetto e cappello apposito secondo le correnti idee giansenistiche del tempo. Anche quest'opera è da attribuirsi alla scuola dei Fantoni per le sue caratteristiche.
Chiudono il presbiterio le Balaustre in marmo bianco di Vezza, intarsiate con altro marmo policromo. Un tempo vi erano incastonate delle piccole perle che sono state asportate un po' alla volta. Son anch'esse opera della bottega Fantoni.
A queste balaustre accenna lo stesso Andrea Fantoni in due lettere all'amico e mecenate don Bartolomeo Belotti, fratello del parroco di Cerveno, parroco in quel tempo a Zone: il 22 febbraio 1709 e 5 gennaio 1710.
Come queste anche le balaustre degli altari di S. Antonio e della Madonna del Rosario sono della bottega Fantoniana. Oggi esse, a seguito dei lavori fatti per il restauro della chiesa sono state asportate dal loro luogo d'origine e sono servite per chiudere la Cappella centrale in cima al Santuario della via Crucis dentro la cancellata in ferro.
A questo punto è giusto ricordare la scuola fantoniana. Essa fu fondata da Grazioso il Vecchio e vi lavoravano tutti i numerosi fratelli e una sorella che in particolare si dedicava alla colorazione delle opere.
Andrea Fantoni era il primogenito e fu mandato dal padre a perfezionarsi a Parma, ove alla corte Farnese operavano artisti famosi. Alloggiato presso lo zio sacerdote, pure di nome Andrea, fu collocato ad apprendere l'arte presso un certo mastro Giuseppe. Vi rimase poco perché il padre, forse per esigenze economiche, lo richiamò presso di sé. Dopo un po' troviamo Andrea ad Edolo presso la bottega di Pietro Ramus, con il quale collaborò a varie opere artistiche camune. Alla morte del padre Andrea gli subentrò nella direzione della bottega, le cui opere sono sparse in tutto il territorio bresciano e bergamasco.
Sovente la bottega Fantoni utilizzava per le opere in pietra alcuni “maestri del marmo” come li chiamava Andrea.